ตำบลปากน้ำปราณในอดีตช่วง พ.ศ.2536 เรียกว่า “ปากคลองปราณ” โดยมีชื่อ “วัดปากคลองปราณ” ในปัจจุบันเป็นหลักฐานยืนยัน ที่ตั้งที่ทำการเมืองเดิมติดอยู่ปากแม่น้ำปราณบุรี ครั้นปี พ.ศ.2458  ได้ย้ายที่ว่าการเมืองจากปากแม่น้ำปราณบุรีไปตั้งที่ตำบลเมืองเก่า (ตำบลปราณบุรี) ใกล้สถานีรถไฟปราณบุรี ดังนั้นปากน้ำปราณ จึงเป็นที่ทำการเมืองอยู่ประมาณ 22 ปี ต่อมาการปกครองได้พัฒนามากขึ้นจนได้ยกระดับการปกครองเป็นองค์การบริหารส่วนตำบลปากน้ำปราณ ซึ่งจากเดิมเป็นสภาตำบลปากน้ำปราณ ตามประกาศกระทรวงมหาดไทย เรื่อง รายชื่อ สภาตำบลที่จะจัดตั้งเป็นองค์การบริหารส่วนตำบล  ลงวันที่ 2 มีนาคม พ.ศ.2538 โดยมาตรา 95 แห่งพระราชบัญญัติสภาตำบลและองค์การบริหารส่วนตำบล พ.ศ.2537 กระทรวงมหาดไทยประกาศให้สภาตำบลปากน้ำปราณ ตำบลปากน้ำปราณ อำเภอปราณบุรี จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ จัดตั้งเป็นองค์การบริหารส่วนตำบล มีผลบังคับใช้ในวันที่ 2 มีนาคม พ.ศ.2538          ตามมาตรา 95 วรรค 2 แห่งพระราชบัญญัติสภาตำบลและองค์การบริหารส่วนตำบล เป็นต้นมา